Tanto los cilios como los flagelos son estructuras derivadas de los centriolos. Son expansiones citoplasmáticas, filiformes y móviles, localizadas en la superficie de algunas células. Los cilios son cortos y muy numerosos y los flagelos son largos y escasos, generalmente solo existe uno.
ULTRAESTRUCTURA Y COMPOSICIÓN
Cilios y flagelos responden a un mismo patrón estructural. Están formados por:
- TALLO O AXONEMA, ESTRUCTURA (9 2 + 2): Es la parte más distal de la célula. En la periferia, formando una estructura circular hay 9 pares de microtúbulos periféricos. Los 9 pares de microtúbulos (dipletes) están unidos entre ellos por una proteína llamada nexina. En el centro encontramos un par de microtúbulos centrales. . Recuerda que los microtúbulos están formados por dímeros de tubulina que forman 13 protofilamentos. Las características del axonema son:
- Los 2 microtúbulos centrales son completos, con 13 protofilamentos.
- Los dipletes de microtúbulos (A) y (B) que forman las parejas periféricas se unen gracias a una proteína fibrilar, la Tektina. Estos microtúbulos no son idénticos:
- El microtúbulo (A) es completo con 13 protofilamentos. Tiene 2 prolongaciones formadas por una proteína (dineína) que con consumo de ATP es capaz de provocar el deslizamiento lateral de unos dipletes sobre otros. Este mecanismo es el que genera el movimiento del cilio o flagelo.
- El microtúbulo (B) solo tiene 10 protofilamentos.
- ZONA DE TRANSICIÓN (9 2 + 0): La estructura de los dipletes se mantiene aunque desaparecen los 2 microtúbulos centrales. Además aparece la placa basal que conecta esta estructura con la membrana plasmática.
- CORPÚSCULO BASAL (9 3 + 0): Ultraestructura idéntica al centriolo. 9 tripletes de microtúbulos periféricos y ausencia de microtúbulos centrales.
- RAÍCES CILIARES: Abundan los microfilamentos que coordinan el movimiento de los cilios.
CILIOS Y FLAGELOS TIENEN UNA ESTRUCTURA SIMILAR 
En humanos los flagelos están presentes en los espermatozoides 
Los flagelos son prolongaciones del citoplasma que suelen ser únicas o poco numerosas. Los espermatofitos de los helechos son células biflageladas. 
Los cilios son cortos y numerosos (5-10 micras de longitud). Su corpúsculo basal es similar a centriolo. 
Corte transversal del tallo de un cilio o flagelo 
CORTE TRANSVERSAL CILIOS 
CORTE TRANSVERSAL FLAGELOS 
FUNCIONES DE CILIOS Y FLAGELOS
- Movimiento celular y desplazamiento celular:
- Espermatozoides y espermatofitos
- Medio de locomoción en Protoctistas flagelados (Euglena sp. Trypanosoma sp)
- Movimiento de líquidos o partículas en la superficie ciliar:
- Avance del óvulo por las trompas de Falopio
- Expulsión de partículas y mucosidad en la tráquea y bronquios
- Crear corrientes para atraer partículas (Vorticela sp. )