- Ascomycota: Las 4 meiosporas se producen en una estructura llamada asca. Tras la meiosis se produce una mitosis que genera 8 esporas. Son un grupo muy amplio y variado de hongos. Los hay que producen setas comestibles como la trufa. En ellos se incluyen microorganismos tan importantes como:
- Las levaduras de enorme importancia, ya que producen la fermentación necesaria para crear ciertos alimentos, como el pan o la cerveza, como Saccharomyces cerevisiae.
- Los Penicillium son el género de hongos más abundante en suelos. Algunas especies producen toxinas, sin embargo muchas especies de Penicillium son beneficiosas para los seres humanos. Los quesos tales como el roquefort, brie, camembert, stilton, etc. se crean a partir de la acción de diferentes especies de Penicillium sobre la leche, y son absolutamente seguros de comer. El antibiótico penicilina es producida por el hongo Penicillium chrysogenum, un moho ambiental.
- Zygomycota: Se caracterizan por formar zygosporas con gruesas paredes, de origen sexual y esporangiosporas no nadadoras, de origen asexual. Son conocidos habitualmente como el moho del pan y de la fruta. La especie más representativa es Rhizopus nigricans, que crece en algunos alimentos en putrefacción y produce masas de hifas no septadas (cenocíticas).
- Chytridiomycota (del griego quitridio, que significa “cacerolita”): Son los hongos más primitivos. La mayoría son acuáticos y viven asociados a plantas e insectos. Son pluricelulares de muy pequeño tamaño, incluso algunos de ellos son unicelulares. Son mayormente saprofitos (degradando quitina y queratina). Pueden infectar plantas y anfibios, y generar enfermedades graves.
La especie más ampliamente estudiada ha sido Batrachochytrium dendrobatidis pues es la responsable de la extinción de diversas poblaciones de anfibios en todo el mundo, principalmente Centro y Sudamérica.