Las arqueas constituyen la tercera rama del árbol de la vida, entre las bacterias y los eucariontes. Inicialmente se pensaba que eran Eubacterias. El primer genoma secuenciado completamente de una arquea fue el de Methanococcus jannaschii publicado en 1996. Se trata de un grupo evolutivamente tan diferente de las Eubacterias como de los Eucariotas. No obstante, existe un amplio debate acerca de las relaciones evolutivas concretas entre estos grupos.

Algunos científicos sitúan a las arqueas más próximas a los eucariotas que las bacterias; algunos proponen incluso que los eucariotas surgieron de una fusión entre una Eubacteria y una Arqueobacteria. Esto se debe fundamentalmente a que la maquinaria de transcripción (RNA polimerasa) y de traducción (ribosoma) de las arqueas se parece mucho más a nivel molecular a la de eucariotas que a la de bacterias.

ARQUEA

Son bacterias de tamaño microscópico, pudiendo ser tan pequeñas como en el orden de los 400-500 nanómetros. Presentan formas parecidas a las Eubacterias:

• redondeadas (cocos)
• cilíndricos (bacilos)
• formas irregulares
• formas regulares como el cuadrado. De hecho, el primer microorganismo cuadrado (Haloquadratum walsbyi) fue una arquea descubierta en 1980.

Las arqueas presentan una estructura similar a las bacterias: ADN circular, membrana plasmática, pared celular, citoplasma y ribosomas. Sin embargo, también poseen diferencias:

• MEMBRANA CELULAR: Se caracteriza por una composición lipídica distinta, sin ácidos grasos. Su composición hacen que la membrana sea estable en condiciones extremas de salinidad, acidez, presión y/o temperatura. Se caracteriza por la presencia de:
  • L-glicerol versus la forma D del resto de los seres vivos.
  • Lípidos Isoprenoides versus ácidos grasos.
  • Monocapa lipídica versus bicapa lipídica.

• PARED CELULAR: no contiene peptidoglicano.
• EXPRESIÓN GÉNICA: Los ribosomas y la replicación, transcripción y traducción del ADN,  es más parecida a la de los eucariotas.
• METABOLISMO: Son heterótrofas y autótrofas pero no realizan la fotosíntesis. La mayoría son anaerobias que producen metano (como las que viven en el estómagos de rumiantes).
• ECOLOGÍA: Hasta ahora no se conocenpatógenas, es decir, que produzca enfermedad en animales o plantas. Tampoco producen esporas de resistencia. Son comunes en ambientes extremos:
  • HALÓFILICAS, viven en mares muy salados como el mar muerto o en salinas.
  • TERMOFÍLICAS, en aguas termales y ricas en S.