Las bacterias son los seres vivos más ampliamente distribuidos en la naturaleza. Presentan por ello la más amplia gama de formas de nutrición y metabolismo. Además, una misma especie puede tener 2 tipos de metabolismos diferentes en función de las condiciones del medio y de la disponibilidad de alimento. Las bacterias son los organismos que podemos encontrar en todos los metabolismos vistos anteriormente. Pueden ser organismos:

• FOTOLITOTROFOS: Pueden fijar CO2 atmosférico gracias a la enzima RubisCO (CIclo de Calvin) y la fotosíntesis. Es decir, cuentan con una fase fotoquímica que produce energía (ATP) y poder reductor (FADH2) para fijar el carbono atmosférico y producir moléculas orgánicas. La fotosíntesis que realizan puede ser:
  • Oxigénica: El H2O es la molécula que repone los electrones de la clorofila en la cadena de transporte de electrones de la fase luminosa de la fotosíntesis. Como resultado se produce O2.
  • Anoxigénica: El H2S es la molécula encargada de reponer los electrones en la cadena de transporte de electrones en la fase luminosa de la fotosíntesis.

• QUIMIOLITOTRÓFOS: La pregunta que debemos hacernos es para entender este metabolismo es la siguiente:
  • ¿De donde obtienen el poder reductor y el ATP para crear moléculas orgánicas si no tienen pigmentos ni utilizan los fotones? Aunque muchos quimiolitotrofos son facultativos y pueden obtener ATP y poder reductor de moléculas orgánicas como en la fermentación o la respiración, ésta no puede ser la única ruta metabólica ya que estaríamos hablando de QUIMIOORGANOTROFOS. La respuesta de estos microorganismos está en poder utilizar también sustratos inorgánicos (por lo general de origen mineral como el Fe2S) con el fin de obtener poder reductor y ATP. Luego podrán utilizarlos en el CICLO de CALVIN, ya que poseen la enzima RubisCO para fijar el CO2 y crear moléculas orgánicas.

• QUIMIOORGANÓTROFOS: Obtienen su energía y su fuente de carbono de moléculas orgánicas, por medio de la fermentación o la respiración (CICLO DE KREBS, CADENA de TRANSPORTE ELECTRÓNICO y FOSFORILACIÓN OXIDATIVA).

• FOTOORGANOTROFOS:
  • Obtienen la energía de la luz y los materiales de sustancias orgánicas. Este raro tipo de nutrición sólo es propio de las bacterias purpúreas.  tiene como fuente de energía la luz pero que no utilizan el dióxido de carbono CO2 como su única fuente de carbono. Aunque son capaces de utilizar la enzima RubisCO para fijar el CO2 (CICLO DE CALVIN) ya que muchos son facultativos, también lo pueden hacer a partir de compuestos orgánicos del entorno, como hidratos de carbono, ácido láctico, ácidos grasos o alcoholes.
  • No utilizan el H2O como donador de electrones en la fotosíntesis y por lo tanto no producen O₂ (FOTOSÍNTESIS ANOXIGÉNICA como también ocurre en las bacterías verdes del azufre). Por último, son aeróbicas porque utilizan el oxígeno molecular como aceptor final de electrones en el proceso de respiración.