Si el patógeno supera las barreras primarias, se encuentran con los fagocitos, un tipo de leucocitos que forman la segunda barrera defensiva. Los fagocitos son células con capacidad fagocitaria no específica. Las células fagocíticas cuentan con receptores de membrana que reconocen patrones moleculares de partes del microorganismo como puede ser un fragmento de membrana o pared. Pueden fagocitar también células previamente marcadas con opsoninas.

Mediante pseudópodos, engloban microorganismos y células inservibles, formando el fagosoma. A continuación se produce el proceso llamado degranulación. Los numerosos lisosomas (gránulos) del fagocito se adhieren al fagosoma formando el fagolisosoma, cargado ahora con enzimas líticas que destruyen al patógeno.

Existen 3 tipos diferentes de fagocitos:
- MICRÓFAGOS O NEUTRÓFILOS: Son los fagocitos más abundantes en la sangre (60% del total en individuos sanos). Llegan al lugar donde se ha producido la infección por diapédesis a través de las paredes de los capilares sanguíneos hasta llegar a los tejidos y fagocitar a los microorganismos patógenos.
- MONOCITOS: Tras pasar varios días en la sangre, se desplazan a diferentes tejidos (del hígado, bazo, pulmones, médula ósea,…) donde se diferencian en macrófagos, células más grandes y con mayor capacidad fagocítica. Los macrófagos pueden desplazarse o permanecer fijos (si permanecen fijos se llaman histiocitos).
- CÉLULAS DENDRÍTICAS: Abundan en los tejidos superficiales tales como la piel y el esófago. Su morfología es peculiar ya que posee prolongaciones ramificadas en forma de brazos, similares a las dendritas, de ahí su nombre. Fagocitan como el resto de fagocitos aunque su función principal es la de ser células presentadoras de antígenos. Son capaces de exponer en su membrana el antígeno del patógeno. Tras la fagocitosis se dirigen al ganglio linfático más cercano donde le presenta los antígenos a un linfocito Th (helper) que producirá anticuerpos.
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